CIR et CII : la peur du contrôle fiscal

Le Contrôle fiscal : c’est un peu « celui-dont-ne-doit-pas-prononcer-le-nom », la hantise du dirigeant. Et ces 2 mots sont suffisamment inquiétants pour décourager certains chefs d’entreprise à déclarer du crédit impôt recherche (CIR) ou innovation (CII). Ils passent alors à côté de dizaines de milliers d’euros et souvent à cause d’une peur infondée. S’il est vrai que le CIR et le CII sont parfois sujets à contrôle, il est important d’expliquer la nature de ces contrôles et ce que risque vraiment l’entreprise.

Au sommaire de cet article :

• Que contrôle l’administration ?
• Comment ça se passe ?
• Comment éviter les (mauvaises) surprises ?

Article mis à jour le 23/07/2024

Que contrôle l’administration ?

Le CIR et le CII sont obtenus sur simple déclaration lors du dépôt de la liasse fiscale. Le crédit d’impôt vient directement réduire le montant d‘IS à payer (si le crédit d’impôt est supérieur au montant de l’IS ou si l’entreprise est déficitaire, elle peut demander le remboursement de son crédit d’impôt). Mais pour vérifier que l’entreprise soit en droit de bénéficier du crédit d’impôt, des contrôles ont lieu à l’initiative de l’administration fiscale. Ces contrôles visent à vérifier 2 aspects.

• Les dépenses prises en compte. L’administration examine les dépenses retenues pour s’assurer qu’il n’y ait pas d’erreur dans le calcul et que ces dépenses entrent bien dans le dispositif.
• L’éligibilité du projet. L’administration fait appel au Ministère chargé de la recherche ou de l’industrie pour évaluer l’éligibilité des projets retenus par rapport aux critères techniques du dispositif. Si l’entreprise déclare du CIR, l’expert scientifique s’intéressera aux travaux menés pour vérifier qu’il s’agit bien de R&D. Si l’entreprise déclare du CII, l’expert vérifiera le caractère innovant du produit (ou du logiciel).

Comment ça se passe ?

Oublier l’image du contrôleur qui frappe à la porte de votre entreprise dès l’ouverture, calculatrice au poing ! Dans la pratique, l’entreprise reçoit un courrier de l’administration lui demandant de lui fournir l’ensemble des pièces justificatives. On appelle cela le « contrôle sur pièces ». Vous avez un mois (plus un mois supplémentaire si vous en faites la demande) pour envoyer ces éléments : bulletins de paie, factures retenues dans le calcul, CV et diplômes du personnel, dossier technique de chaque projet… Le vérificateur fiscal échange si besoin avec l’entreprise pour demander des pièces complémentaires ou pour poser des questions sur le calcul.

Après examen des pièces, vous recevez un rapport détaillé avec les conclusions des experts. Ils statuent sur l’éligibilité (ou non) de chacun des projets et sur l’éligibilité de chacune des dépenses déclarées. En cas d’erreur, l’administration procédera à un redressement de votre montant de CIR ou de CII. Autrement dit, vous devrez rembourser le trop-perçu.

Sachez que depuis le 1er juillet 2016, un comité consultatif a été mis en place pour faciliter les échanges entre l’entreprise et l’administration en cas de désaccord sur les projets et les dépenses retenues (loi de finances rectificative pour 2015).  Ce comité permet à l’entreprise d’avoir un débat avec les experts.

Le CIR et CII peuvent aussi être contrôlés dans le cadre d’un contrôle fiscal plus général. Dans ce cas, l’entreprise reçoit un courrier notifiant qu’un vérificateur fiscal souhaite venir rencontrer le dirigeant dans l’entreprise pour vérifier plusieurs points de comptabilité. Le CIR et le CII peuvent en faire partie et l’administration est susceptible de remonter jusqu’à 3 ans en arrière.

Comment éviter les (mauvaises) surprises ?

– Le premier réflexe à adopter avant de se lancer dans une déclaration de CIR ou de CII est de bien vérifier son éligibilité au dispositif. C’est indispensable car on constate souvent des différences entre ce que le dirigeant entend par R&D ou innovation et la définition de l’administration. Pour évaluer votre éligibilité et éviter les risques, des tests en ligne gratuits existent.

– Nous vous conseillons ensuite de constituer votre dossier de CIR-CII au fur et à mesure de l’année (collecte des factures, agréments des prestataires, mise en place de feuille de temps…). Cette organisation vous permettra de gagner beaucoup de temps, de ne pas courir après les éléments au dernier moment et d’avoir une meilleure vision sur votre trésorerie prévisionnelle.

– Enfin, nous vous recommandons de rédiger le dossier financier (qui justifie le calcul) et le dossier technique (qui justifie l’éligibilité des projets) avant le dépôt de la déclaration. Cela s’appelle sécuriser son CIR ou CII. De cette manière, vous serez prêt à envoyer tous les éléments à l’administration en cas de demande. Car comme nous l’avons expliqué, à la réception du courrier de l’administration, vous avez 1 mois (renouvelable 1 fois sur demande) pour fournir les éléments. Ce délai est très court si vous devez collecter des documents et rédiger le dossier technique en vous remémorant les travaux d’une année.Ce délai est encore plus difficile à tenir si vous devez justifier l’éligibilité d’un projet vieux de 3 ans car oui l’administration peut revenir jusqu’à 3 ans en arrière. D’où l’importance de rédiger son dossier technique au moment de la déclaration.

Comment rédiger un dossier technique de CIR ? >

Pour dormir sur vos deux oreilles en cas de doute sur l’éligibilité de votre projet, vous pouvez aussi déposer un rescrit. Le rescrit, c’est l’action de solliciter l’avis de l’administration sur son éligibilité à un dispositif. Concrètement, cela revient à demander à l’administration : « Mon entreprise peut-elle bénéficier du CIR ou du CII ? Ce rescrit est à déposer 3,5 mois avant la clôture de l’exercice (soit avant le 15 octobre pour une entreprise clôturant au 31 décembre).

En résumé, avec le crédit impôt recherche (CIR) ou le crédit impôt innovation (CII), les risques de contrôle sont réels. Mais vous n’avez absolument rien à craindre si vous vous êtes assuré en amont de votre éligibilité au dispositif et si vous avez préparé tous les dossiers justificatifs au moment de votre déclaration. Le contrôle se limitera alors à un simple échange avec l’administration !